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医疗事故罪的处理决定由公安机关、人民检察院、人民法院分工负责，其中公安机关负责立案侦查，人民检察院负责审查起诉，人民法院负责审判定罪，最终由人民法院依法作出是否构成犯罪的生效判决。
医疗事故罪是指医务人员由于严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为，属于危害公共卫生领域的刑事犯罪。根据我国刑事诉讼法规定的“分工负责、互相配合、互相制约”原则，该罪的处理需经多个部门依法履职，形成完整的刑事诉讼流程。
首先，案件的启动通常涉及卫生行政部门与公安机关的衔接。根据《医疗事故处理条例》第五十五条，卫生行政部门在处理医疗事故过程中，若发现医疗机构或医务人员的行为涉嫌构成医疗事故罪，应当及时移交公安机关立案侦查。此外，患者或其近亲属也可直接向公安机关报案，公安机关经审查认为符合立案条件的，将依法立案。
其次，公安机关负责立案侦查是处理流程的核心环节。公安机关接到报案或移交材料后，会对案件事实进行调查，包括收集医疗记录、询问当事人、委托司法鉴定（如医疗损害鉴定、尸体解剖等），以确认是否存在“严重不负责任”的行为（如违反诊疗规范、擅离职守、延误抢救等）及该行为与就诊人死亡或严重损害后果之间的因果关系。侦查终结后，公安机关会根据查明的事实，作出移送审查起诉或撤销案件的决定。
接下来，人民检察院负责审查起诉。公安机关将案件移送检察院后，检察院会对案件的证据是否充分、事实是否清楚、法律适用是否准确进行审查。若认为犯罪事实清楚、证据确实充分，将依法向人民法院提起公诉；若发现证据不足，可退回公安机关补充侦查，或作出不起诉决定。检察院在审查过程中，还会对公安机关的侦查活动是否合法进行监督。
最后，人民法院是唯一有权作出定罪判决的机关。根据《刑事诉讼法》第十二条“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪”的原则，人民法院受理检察院提起的公诉后，会通过开庭审理，组织控辩双方质证、辩论，结合医学鉴定意见、诊疗记录等证据，依据《刑法》第三百三十五条“医疗事故罪”的构成要件（主体为医务人员、主观为过失、客观为严重不负责任行为、后果为就诊人死亡或严重损害健康）作出最终裁判。法院的判决结果包括是否构成犯罪、构成犯罪的量刑（一般处三年以下有期徒刑或者拘役）等，具有终局性法律效力。
综上，医疗事故罪的处理是公安、检察、法院三机关协同作用的结果，其中公安机关的侦查是基础，检察院的起诉是桥梁，法院的审判是核心，三机关依法履职共同确保案件处理的合法性与公正性。
法律依据：
《公安机关办理刑事案件程序规定》 第十四条
根据刑事诉讼法的规定，除下列情形外，刑事案件由公安机关管辖：
（一）监察机关管辖的职务犯罪案件；
（二）人民检察院管辖的在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，以及经省级以上人民检察院决定立案侦查的公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件；
（三）人民法院管辖的自诉案件。对于人民法院直接受理的被害人有证据证明的轻微刑事案件，因证据不足驳回起诉，人民法院移送公安机关或者被害人向公安机关控告的，公安机关应当受理；被害人直接向公安机关控告的，公安机关应当受理。
