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处理医疗事故的部门主要有卫生行政部门、医疗纠纷人民调解委员会等，在某些情况下法院也会参与医疗事故相关争议的处理。
卫生行政部门在医疗事故处理中扮演着重要角色。根据《医疗事故处理条例》，县级以上地方人民政府卫生行政部门负责本行政区域内医疗事故的监督管理工作。当发生医疗事故争议时，当事人既可以向医疗机构所在地的县级人民政府卫生行政部门提出处理申请，对于患者死亡或可能为二级以上的医疗事故，县级人民政府卫生行政部门在接到医疗机构的报告或者当事人提出医疗事故争议处理申请后，会移送上一级人民政府卫生行政部门处理。卫生行政部门会对医疗事故进行调查核实，有权要求医疗机构提供相关材料，也可以组织调查，判定是否属于医疗事故。
医疗纠纷人民调解委员会也是处理医疗事故的重要力量。它是依法设立的调解医疗纠纷的群众性组织，具有专业性和中立性的特点。医疗纠纷人民调解委员会调解医疗纠纷，不收取费用。其调解员通常由具有医学、法学等专业知识和调解工作经验的人员担任。在医疗事故发生后，医患双方可以自愿申请医疗纠纷人民调解委员会进行调解，该委员会会以事实为依据，以法律为准绳，促使医患双方达成调解协议，解决纠纷。
当医患双方无法通过协商、调解等方式解决医疗事故争议时，可以通过诉讼途径，由人民法院进行处理。法院会依据相关法律法规和证据，对医疗事故的责任认定、赔偿等问题作出判决，以保障当事人的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第九十一条
公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在拘留后的三日以内，提请人民检察院审查批准。在特殊情况下，提请审查批准的时间可以延长一日至四日。
对于流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子，提请审查批准的时间可以延长至三十日。
人民检察院应当自接到公安机关提请批准逮捕书后的七日以内，作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。人民检察院不批准逮捕的，公安机关应当在接到通知后立即释放，并且将执行情况及时通知人民检察院。对于需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。
