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房产证和不动产权证书主要在证件名称、监制机关、权证编号、标注信息、版本方面存在区别。
在证件名称上，房产证全称为《中华人民共和国房屋所有权证》，而不动产权证书全称为《中华人民共和国不动产权证书》。
监制机关不同。房产证的监制单位是中华人民共和国住房和城乡建设部，在国务院机构改革前是中华人民共和国建设部；不动产权证书的监制单位则是中华人民共和国国土资源部。
权证编号有差异。房产证包括两个编号，分别是建房注册号和房屋所有权证号；不动产权证书也有两个编号，一是证书编号，二是不动产权编号。
标注信息不同。房产证内页内容仅包括房屋所有权人、共有情况、房屋坐落、登记时间、房屋性质、规划用途、房屋状况和土地状况；不动产权证书在房产证的基础上，增加了镭射区、不动产单元号、使用期限等内容。不动产单元号具有唯一代码，相当于证书记录的不动产在全国范围内唯一的“身份证号”，通过不动产单元号就可以锁定该不动产信息。
版本方面也不一样。房产证只有一个版本；而不动产权证书有单一版和集成版两个版本，单一版证书记载一个不动产单元上的不动产权利，集成版证书记载同一权利人在同一登记辖区内享有的多个不动产单元上的不动产权利。
虽然房产证和不动产权证书存在上述区别，但按照国家“不变不换”的原则，现有各类不动产权证书继续有效，权利不变动，证书不更换。也就是说，旧证、新证同时都具有法律效力。
法律依据：
《城市房地产管理法》 第六十条
国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。
《民法典》 第二百零九条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
第二百一十四条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，依照法律规定应当登记的，自记载于不动产登记簿时发生效力。
