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离婚分为协议离婚和诉讼离婚。若要协议离婚，无论是否有分居证明，都需前往一方常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记手续；若选择诉讼离婚，有分居证明的情况下，要向被告住所地人民法院提起离婚诉讼，被告住所地与经常居住地不一致的，向经常居住地人民法院起诉。
首先来看协议离婚的情况。根据《婚姻登记条例》规定，内地居民自愿离婚的，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。办理离婚登记时，需要携带本人的户口簿、身份证；本人的结婚证；双方当事人共同签署的离婚协议书等材料。婚姻登记机关会对离婚登记当事人出具的证件、证明材料进行审查并询问相关情况。对当事人确属自愿离婚，并已对子女抚养、财产、债务等问题达成一致处理意见的，予以登记，发给离婚证。所以，即使有分居证明，协议离婚的办理地点是固定的，即一方常住户口所在地的婚姻登记机关。
再说说诉讼离婚。如果夫妻一方想要通过诉讼方式离婚，且有分居证明，一般是向被告住所地人民法院提起离婚诉讼。这里的被告住所地通常是指被告的户籍所在地。如果被告住所地与经常居住地不一致，根据法律规定，由经常居住地人民法院管辖。经常居住地是指公民离开住所地至起诉时已连续居住一年以上的地方，但公民住院就医的地方除外。在诉讼过程中，分居证明可以作为夫妻感情破裂的证据之一。法院在审理离婚案件时，会先进行调解；如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。因感情不和分居满二年的，可认定为夫妻感情确已破裂。因此，分居证明对于诉讼离婚中认定夫妻感情是否破裂有着重要的作用。不同的离婚方式对应着不同的办理手续地点，当事人可根据自身实际情况选择合适的离婚途径。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
