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存疑不起诉后公安机关一般会撤案。存疑不起诉意味着现有证据无法达到起诉标准，基于此情况，公安机关会对案件作出相应处理。
存疑不起诉，是指检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。当检察机关作出存疑不起诉决定后，公安机关通常会根据相关规定进行撤案处理。
根据《公安机关办理刑事案件程序规定》，公安机关对人民检察院不起诉决定有异议的，可以要求复议，如果意见不被接受，可以向上一级人民检察院提请复核。但如果没有异议，就应当执行不起诉决定，及时撤案。这是因为存疑不起诉表明现有证据无法充分证明犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，继续将案件保留在侦查阶段已无必要。
在撤案的具体操作上，公安机关会制作撤案文书。撤案时，会解除对犯罪嫌疑人采取的强制措施，如取保候审、监视居住等要及时解除；如果有扣押、冻结的财物等，也应当按照规定及时返还。这体现了保障当事人合法权益的原则，避免当事人的合法权益因案件久拖不决而受到不必要的损害。
对于被害人而言，如果对存疑不起诉决定不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。这为被害人提供了进一步维护自身权益的途径。
存疑不起诉后，公安机关通常会撤案并做好相关后续工作，同时法律也为相关当事人提供了相应的救济途径，以确保司法程序的公正和合法。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十五条
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
