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分居三年可以选择协议离婚或诉讼离婚。协议离婚需双方就离婚事宜达成一致并办理相关手续；诉讼离婚则是一方向法院提起离婚诉讼，由法院审理判决。
协议离婚是一种较为和平、高效的离婚方式。若夫妻双方就离婚、子女抚养、财产分割等问题达成一致意见，可携带相关证件到婚姻登记机关办理离婚登记。具体步骤如下：夫妻双方需签订书面离婚协议，协议中应明确表示双方自愿离婚，并对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致。双方持本人的户口簿、身份证、结婚证以及离婚协议书，共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关提出申请。婚姻登记机关会对当事人提交的证件和证明材料进行审查，并询问相关情况。审查通过后，自婚姻登记机关收到离婚登记申请并向当事人发放《离婚登记申请受理回执单》之日起三十日冷静期内，任何一方反悔都可撤回申请。冷静期届满后三十日内，双方需再次共同到婚姻登记机关申请发给离婚证，经审查符合条件的，予以登记，发给离婚证。
诉讼离婚适用于夫妻双方无法就离婚相关事宜达成一致的情况。若分居三年的一方想通过诉讼离婚，需向有管辖权的法院提起离婚诉讼。通常是向被告住所地人民法院提起，若被告住所地与经常居住地不一致，则由经常居住地人民法院管辖。起诉时，需向法院提交起诉状和相关证据，如证明夫妻分居三年的证据，像分居协议、租房合同、居委会证明等。法院受理后，会先进行调解。调解是离婚诉讼的必经程序，若调解无效，法院会根据庭审情况进行审理。法院判决离婚的标准是夫妻感情确已破裂，分居三年在一定程度上可作为夫妻感情破裂的证据，但并非必然会判决离婚，还需综合考虑其他因素。若法院认定夫妻感情确已破裂，会判决准予离婚，并对子女抚养和财产分割等问题一并作出处理。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
