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离婚协议约定净身出户但房产证有名字的，需要根据具体情况进行处理，一般需要办理房产过户手续，将房产所有权转移给另一方，以保障离婚协议的执行和房产权益的清晰归属。
首先要明确离婚协议的效力。离婚协议是夫妻双方自愿达成的关于离婚、子女抚养、财产分割等事项的协议。只要该协议是双方真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且在办理离婚登记后，该协议就具有法律效力。净身出户条款如果符合上述条件，对双方都有约束力。
房产过户的流程。由于房产证上有名字，需要办理房产过户手续来完成房产的转移。双方需携带身份证、离婚证、离婚协议、房产证等相关材料到当地的不动产登记中心办理过户。如果是通过协议离婚的，需要双方共同前往办理；如果是通过法院判决离婚的，可凭生效的判决书等法律文书，由取得房产的一方单独办理过户手续。
若遇到对方不配合过户的情况。当约定净身出户的一方拒绝配合办理过户手续时，另一方可以采取法律措施。如果是协议离婚，可向法院提起诉讼，要求对方履行离婚协议，协助办理过户手续。法院判决后，若对方仍不履行，可向法院申请强制执行，由法院向不动产登记中心发出协助执行通知书，强制办理过户。
还要考虑房产是否存在抵押等情况。如果房产存在抵押，在过户前需要先与贷款银行沟通，了解银行对于房产过户的规定和要求。有些银行可能要求提前还清贷款或者变更贷款人等，按照银行的要求完成相关手续后，再办理房产过户。
离婚协议约定净身出户且房产证有名字时，要严格按照法律规定和相关程序办理房产过户，确保房产权益的顺利转移。
法律依据：
《不动产登记暂行条例》 第二十一条
登记事项自记载于不动产登记簿时完成登记。
不动产登记机构完成登记，应当依法向申请人核发不动产权属证书或者登记证明。
《中华人民共和国城市房地产管理法》 第三十七条
房地产转让，是指房地产权利人通过买卖、赠与或者其他合法方式将其房地产转移给他人的行为。
