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当非婚生子女父亲不承认亲子关系时，可以通过协商沟通、申请亲子鉴定以及寻求法律途径等方式处理。
在遇到非婚生子女父亲不承认亲子关系的情况，较为平和的方式是尝试与对方进行协商沟通。可以找一个合适的场合，心平气和地向其说明情况，比如提供一些能证明可能存在亲子关系的证据，像交往记录、医院的孕检资料等，尝试唤起对方的责任意识，促使其承认亲子关系并承担相应责任。例如，女方可以拿出两人恋爱期间的亲密合照以及当时一起去医院做产检的病历本等，让男方了解事情的真实性。
若协商沟通没有效果，亲子鉴定是一个关键的手段。可以先自行委托有资质的鉴定机构进行鉴定。一般来说，在采集样本时，对于无民事行为能力的非婚生子女，可以由其监护人，通常是母亲协助采集样本。如果父亲拒绝配合做亲子鉴定，根据法律规定，当事人一方起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系一方的主张成立。也就是说，如果女方提供了初步的证据，而男方拒绝做鉴定，法院可以根据现有情况支持女方确认亲子关系的诉求。
如果以上方法都行不通，就需要寻求法律途径。可以向法院提起诉讼，要求确认亲子关系，并要求对方承担抚养义务。在诉讼过程中，要尽可能收集全面的证据，除了前面提到的交往记录、孕检资料外，孩子出生后的一些相关材料，如出生证明等也可以作为证据提交。法院会根据双方提供的证据进行审理和判决。一旦法院判决确认了亲子关系，父亲就需要按照法律规定支付抚养费等费用，保障非婚生子女的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第二十六条
父母对未成年子女负有抚养、教育和保护的义务。
成年子女对父母负有赡养、扶助和保护的义务。
《中华人民共和国民法典》 第一千零六十七条
父母不履行抚养义务的，未成年子女或者不能独立生活的成年子女，有要求父母给付抚养费的权利。
成年子女不履行赡养义务的，缺乏劳动能力或者生活困难的父母，有要求成年子女给付赡养费的权利。
