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食品安全检查不合格，食品生产经营者会面临多种处理措施，包括责令改正、警告、罚款、没收违法所得和违法生产经营的食品、吊销许可证等，构成犯罪的还会被依法追究刑事责任。
根据《中华人民共和国食品安全法》规定，不同的违法情形对应不同的处理方式。
若只是一般的轻微违规，比如食品的标签、说明书存在瑕疵但不影响食品安全且不会对消费者造成误导的，由县级以上人民政府食品安全监督管理部门责令改正；拒不改正的，处二千元以下罚款。
对于生产经营致病性微生物，农药残留、兽药残留、生物毒素、重金属等污染物质以及其他危害人体健康的物质含量超过食品安全标准限量的食品、食品添加剂等较为严重的情况，由县级以上人民政府食品安全监督管理部门没收违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂，并可以没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品；违法生产经营的食品、食品添加剂货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款；情节严重的，吊销许可证。
如果用超过保质期的食品原料、食品添加剂生产食品、食品添加剂，或者经营上述食品、食品添加剂；生产经营超范围、超限量使用食品添加剂的食品等，同样由县级以上人民政府食品安全监督管理部门按照上述类似标准进行处罚。
食品生产经营者在一年内累计三次因违反本法规定受到责令停产停业、吊销许可证以外处罚的，由食品安全监督管理部门责令停产停业，直至吊销许可证。
若食品安全检查不合格涉及构成犯罪的，比如生产销售有毒有害食品等，会依据《中华人民共和国刑法》相关规定，依法追究刑事责任。食品安全关乎公众健康，对不合格情况有严格的处理机制。
法律依据：
《中华人民共和国食品安全法》 第一百一十二条
县级以上人民政府食品安全监督管理部门在食品安全监督管理工作中可以采用国家规定的快速检测方法对食品进行抽查检测。
对抽查检测结果表明可能不符合食品安全标准的食品，应当依照本法第八十七条的规定进行检验。抽查检测结果确定有关食品不符合食品安全标准的，可以作为行政处罚的依据。
