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存疑不起诉后，公安机关一般应当立即撤案。
存疑不起诉是指检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》相关规定，不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。
对于公安机关而言，在收到人民检察院存疑不起诉决定书后，意味着该案件在检察机关层面认为证据不足以支持提起公诉。按照法律精神和司法实践，公安机关应当立即撤销案件。这是因为存疑不起诉表明案件证据存在问题，无法达到起诉标准，继续保留案件侦查状态已无必要。
从保障当事人合法权益的角度来看，及时撤案十分重要。被不起诉人在经历刑事诉讼程序后，其名誉、生活和工作等方面可能已经受到了一定影响。若公安机关不及时撤案，可能会使被不起诉人继续处于一种不确定的状态，进一步损害其合法权益。
在实际操作中，公安机关撤案需要遵循一定的程序。通常会制作撤案决定书，对案件的基本情况、存疑不起诉的依据等进行说明，并按规定将相关材料进行整理归档。同时，对于与案件相关的扣押、冻结财物等，也应当按照规定及时返还给当事人。存疑不起诉后公安机关立即撤案是保障司法公正和当事人合法权益的必然要求。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十五条
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
