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不动产权证书和房屋所有权证主要区别体现在证书名称、内容记载、监制机关以及涵盖范围等方面。不动产权证书是较新的证书，整合了更多不动产相关信息，而房屋所有权证仅针对房屋产权。
证书名称：房屋所有权证全称为中华人民共和国房屋所有权证；不动产权证书全称为中华人民共和国不动产权证书，名称上更突出“不动产”概念。
内容记载：房屋所有权证主要记载房屋所有权人、共有情况、房屋坐落、登记时间、房屋性质、规划用途、房屋状况和土地状况；不动产权证书除了记载上述类似信息外，还增加了镭射区、不动产单元号、使用期限等内容。其中，不动产单元号具有唯一代码，相当于证书记录的不动产在全国范围内唯一的“身份证号”，通过不动产单元号就可以锁定该不动产信息。
监制机关：房屋所有权证监制单位是中华人民共和国建设部，国务院机构改革后，为中华人民共和国住房和城乡建设部；不动产权证书监制单位则是中华人民共和国国土资源部。
涵盖范围：房屋所有权证仅指对房屋的所有权，其核心是房屋；而不动产权证书是对不动产统一登记后核发的证书，涵盖了土地、海域以及房屋、林木等定着物等多种不动产类型，不动产登记是将原来分散在多个部门的不动产登记职责整合由一个部门承担，实现了不动产登记的统一。
虽然两者存在区别，但根据《不动产登记暂行条例》的规定，《不动产权证书》和《房屋所有权证》等证书都是权利人享有不动产物权的法定凭证，具有同等的法律效力。当事人已领取的《房屋所有权证》等证书不会作废，遵循“不变不换”的原则，在不动产产权发生变更、转移时，才需更换为新的不动产权证书。
法律依据：
《不动产登记暂行条例》 第四条
国家实行不动产统一登记制度。不动产登记遵循严格管理、稳定连续、方便群众的原则。不动产权利人已经依法享有的不动产权利，不因登记机构和登记程序的改变而受到影响。
《中华人民共和国土地管理法》 第十二条
土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
《中华人民共和国城市房地产管理法》 第六十条
国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。
