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药店转让是否合法需要分情况来看。单纯转让药店经营资格不合法，而通过合法的企业变更登记等方式转让药店所属企业的股权等从而实现药店实际控制和经营主体的变更，在符合相关法律法规的情况下是合法的。
从药品经营许可角度。根据《药品管理法》等相关规定，药品经营许可证是不得转让的。药品经营活动关乎公众的用药安全和健康，药品监督管理部门对药店的开办、经营等有严格的准入和监管要求。如果仅仅是将药店的药品经营许可证转让给他人，让不具备相应资质和条件的人继续以原药店名义经营药品，这是明确违法的行为。这种转让可能导致药店的经营管理不符合规范，药品质量和安全无法得到保障。例如，受让方可能不具备专业的药品管理知识和技能，无法正确储存、养护药品，从而造成药品变质等问题危害消费者。
其次，从企业变更角度。如果是药店属于某一企业，通过合法的股权变更登记等程序，将企业的控制权进行转让，这种情况下在符合公司法、市场监管等相关规定的前提下是合法的。因为本质上是企业股东和实际控制人的变更，而药店的药品经营许可证等依然是在该依法存续的企业名下，企业仍然需要按照药品经营相关法规要求进行经营活动。例如，一家连锁药店的母公司通过合法的股权转让，将旗下某家药店所在子公司的股权全部转让给其他投资者，只要后续该子公司继续遵守药品经营的各项规定，这种转让行为就是合法的。
总之，药店转让不能简单地一概而论其合法性，需要依据具体的转让方式是否符合相关药品管理、企业管理等法律法规来判断。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第五百四十三条
当事人协商一致，可以变更合同。
《中华人民共和国民法典》 第五百四十四条
当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
《中华人民共和国民法典》 第五百四十五条
债权人可以将债权的全部或者部分转让给第三人，但是有下列情形之一的除外：
（一）根据债权性质不得转让；
（二）按照当事人约定不得转让；
（三）依照法律规定不得转让。
当事人约定非金钱债权不得转让的，不得对抗善意第三人。当事人约定金钱债权不得转让的，不得对抗第三人。
