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检察院不起诉后，通常立即结案。但如果存在需要对被不起诉人进行行政处罚、处分或者没收其违法所得等情况，相关程序会继续进行。
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。这意味着，从法律程序上来说，一旦检察院作出不起诉决定并依法送达和公开宣布，刑事案件在检察环节即告终结。
对于法定不起诉的情形，比如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的等，检察院作出不起诉决定后，案件就直接结束，不会再进入后续的审判程序。
酌定不起诉是指犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。这种情况下，虽然案件在刑事诉讼程序上结束，但根据《刑事诉讼法》第一百七十七条第三款规定，人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
证据不足不起诉是指对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这种不起诉决定作出后，案件也不再继续进行刑事诉讼程序。不过，如果后来发现新的证据，符合起诉条件时，检察院仍有可能重新提起公诉。
检察院不起诉后，正常情况下刑事诉讼程序立即结束，但可能存在后续的行政处理等程序。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十七条
犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十八条
不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。
