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女方出轨离婚时两个孩子抚养权的判决，法院会根据子女的权益和双方的具体情况来确定，并非单纯依据出轨这一因素。一般可能判决一方抚养一个，也可能将两个孩子抚养权都判给一方。
在司法实践中，对于子女抚养权的判定，遵循的基本原则是有利于子女的身心健康，保障子女的合法权益。
如果孩子是两周岁以下，通常以由母亲直接抚养为原则。因为这个阶段的孩子对母亲的依赖度较高，母亲在照顾孩子方面往往更有经验和优势。但如果母亲存在一些不利于孩子成长的情形，比如患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，子女不宜与其共同生活；有抚养条件不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活等，法院也可能将抚养权判给父亲。
对于两周岁以上未成年的子女，父母均要求直接抚养，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：已做绝育手术或者因其他原因丧失生育能力；子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利；无其他子女，而另一方有其他子女；子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活。这里女方出轨如果被认定为不利于子女身心健康的情形，可能会对其争取抚养权产生不利影响。
对于八周岁以上的子女，应当尊重其真实意愿。因为这个年龄段的孩子已经有了一定的认知和判断能力，他们的意愿在抚养权判决中会起到重要的参考作用。
在实际案例中，如果双方抚养条件相当，法院可能会判决一人抚养一个孩子，这样能平衡双方的抚养责任和义务。但如果一方存在明显不利于孩子成长的情况，比如有不良嗜好、经济状况极差等，法院也可能将两个孩子的抚养权都判给另一方。女方出轨只是众多考虑因素之一，并非决定性因素，法院会综合各种情况做出最有利于孩子成长的判决。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
