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分居三年离婚可以选择协议离婚或诉讼离婚。协议离婚需双方就离婚、子女抚养、财产分割等问题达成一致，共同到婚姻登记机关申请离婚登记；诉讼离婚则是一方向法院提起离婚诉讼，由法院审理判决。
协议离婚。若夫妻双方都有离婚意愿，且就子女抚养、财产分割、债务处理等事项协商一致，那么可以采取协议离婚的方式。根据《民法典》规定，夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。自婚姻登记机关收到离婚登记申请并向当事人发放《离婚登记申请受理回执单》之日起三十日冷静期内，任何一方反悔都可以持相关证件和材料，向受理离婚登记申请的婚姻登记机关撤回离婚登记申请，并亲自填写《撤回离婚登记申请书》。经婚姻登记机关核实无误后，发给《撤回离婚登记确认单》，并将离婚登记申请书及相关材料存档。自离婚冷静期届满后三十日内，双方未共同到婚姻登记机关申请发给离婚证的，视为撤回离婚登记申请。冷静期届满后，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证；符合条件的，婚姻登记机关予以登记，发给离婚证。
诉讼离婚。如果夫妻一方想离婚，另一方不同意，或者双方虽然都同意离婚，但在子女抚养、财产分割等问题上无法达成一致，那么想离婚的一方可以向法院提起离婚诉讼。对于分居三年的情况，如果能证明是因感情不和分居满二年，法院调解无效的，应当准予离婚。在诉讼过程中，需要提供相关证据来证明分居的事实和时间，比如分居协议、租房合同、居委会证明等。法院在审理离婚案件时，会先进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，才会准予离婚。同时，法院会根据具体情况对子女抚养、财产分割、债务分担等问题作出判决。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
