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公司要注销股东不配合，可通过召开股东会形成有效注销决议、向法院提起诉讼、通过股权转让让不配合股东退出等方式解决。
依据《中华人民共和国公司法》，公司注销需经股东会作出有效决议。若公司章程规定三分之二以上表决权通过即可注销公司，当达到此比例的股东同意注销时，可召开股东会。在会议召开前，应按照章程规定的时间和方式通知全体股东。会议中对注销事项进行表决，形成书面的注销决议。即便有股东不配合未出席会议或不同意，只要同意的表决权比例达到章程要求，该决议依然有效。
其次，如果股东不配合且无法通过股东会形成有效决议，可考虑向人民法院提起诉讼。以公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，且通过其他途径不能解决为由，请求法院解散公司。根据相关法律规定，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，有权提起该诉讼。法院判决公司解散后，再按照法定程序进行清算和注销。
再者，还可以尝试让不配合的股东转让其股权。与该股东协商，由其他股东或第三方购买其股权。在股权转让过程中，要严格按照法律和公司章程的规定办理相关手续，签订股权转让协议，并办理股权变更登记。这样不配合的股东退出公司，减少了注销公司的阻碍。
另外，在整个过程中，要注意留存相关的证据，如股东会会议通知、会议记录、表决结果、与股东的沟通记录等，以备不时之需。通过合法、有效的途径，推动公司注销程序的顺利进行，保障公司和其他股东的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第一百八十三条
公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。
《中华人民共和国公司法》 第一百八十八条
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
