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公司股权变更股东不签字时，需要依据具体情形处理。若该股东处于优先购买权行使阶段，可通过协商或法律途径解决；若属于表决范畴，符合法定或章程规定多数通过条件的，变更仍可推进；若涉及侵吞小股东权益等违法情况，则需通过法律手段保护受侵害股东权益。
首先明确一点，不同情况对应不同的处理方式。
若有股东不签字是因为处于优先购买权的情况。公司股东向股东以外的人转让股权时，其他股东在同等条件下享有优先购买权。若有股东不同意转让且不购买该股权，根据《公司法》规定，视为其同意转让。此时，其他股东的不签字并不影响股权向股东以外的人转让。可以通过书面通知的方式，告知该股东行使优先购买权的期限和条件。如果该股东在规定时间内既不表态购买，又不签字同意转让，股权变更可继续进行。
对于股权变更需经股东会表决的情况。公司章程通常会规定股权变更的表决程序，若股东会的表决符合法律和章程规定的多数通过条件，即使有股东不签字，股权变更依旧可以进行。这种情况下，不签字股东的反对不影响决议效力，公司可依据有效的股东会决议办理股权变更登记手续。
然而，若存在大股东利用优势地位，在股权变更过程中不尊重小股东意见、甚至侵吞小股东权益等违法情形。受侵害的股东可以通过法律途径维护自身合法权益。可以向法院提起诉讼，请求确认股东会决议无效或撤销该决议。法院会依据事实和法律进行审理，若判定决议存在违法违规情况，会支持受侵害股东的诉求。
总之，在公司股权变更股东不签字的情况下，要根据不同的具体情况，采取合适的措施，确保股权变更合法合规进行。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
