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分居三年后离婚，财产分配一般先由夫妻双方协商处理；协商不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。属于个人财产的部分，仍归个人所有，不参与分割。
需要明确财产的性质，即区分夫妻共同财产和个人财产。根据法律规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，一般属于夫妻共同财产，如工资、奖金、生产经营收益、知识产权收益等。而一方的婚前财产、一方因受到人身损害获得的赔偿或者补偿、遗嘱或者赠与合同中确定只归一方的财产等，属于夫妻一方的个人财产。
对于夫妻共同财产，在分居三年后离婚时，分配原则通常是遵循公平合理的原则。夫妻双方可以自行协商如何分割这些财产，只要达成的协议是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体和他人的合法权益，该协议就是有效的。例如，夫妻双方可以约定将房产归一方所有，获得房产的一方给予另一方相应的经济补偿。
如果夫妻双方无法就财产分割达成一致意见，则可以向人民法院提起离婚诉讼，由法院进行判决。法院在判决时，会根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则进行处理。比如，若一方在婚姻中存在过错行为，如重婚、与他人同居、实施家庭暴力等，法院在分割财产时可能会适当倾向于无过错方。
对于分居期间各自取得的财产，一般情况下仍属于夫妻共同财产，但如果双方有书面约定该期间各自所得财产归各自所有，则按照约定处理。此外，如果涉及到夫妻共同债务，也需要在离婚时一并处理，通常由夫妻双方共同承担。总之，分居三年后离婚财产的分配需要综合考虑各种因素，依据法律规定和实际情况进行合理分割。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零六十二条
夫妻在婚姻关系存续期间所得的下列财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有：
（一）工资、奖金、劳务报酬；
（二）生产、经营、投资的收益；
（三）知识产权的收益；
（四）继承或者受赠的财产，但是本法第一千零六十三条第三项规定的除外；
（五）其他应当归共同所有的财产。
夫妻对共同财产，有平等的处理权。
