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分居离婚时小孩抚养权的判决需综合多方面因素，以最有利于未成年子女成长为原则。两周岁以下的子女，一般随母亲生活；两周岁以上未成年子女，法院会综合考虑双方的抚养能力、抚养条件等情况；八周岁以上的子女，应当尊重其真实意愿。
在分居离婚案件中，小孩抚养权的判定是一个复杂且需谨慎考量的问题，要从多个维度进行分析。
对于两周岁以下的子女，通常以随母亲生活为原则。这是因为这个阶段的孩子对母亲的依赖度较高，母亲在生理和心理上更能给予孩子细致的照顾。不过，存在一些特殊情况，比如母亲患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活；母亲有抚养条件却不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活等，在这些情况下，孩子也可能随父亲生活。
对于两周岁以上的未成年子女，父母双方均要求随其生活时，法院会综合考虑诸多因素。例如，一方已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的，可予以优先考虑；子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；无其他子女，而另一方有其他子女的；子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。父母抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父或母生活的优先条件予以考虑。
对于八周岁以上的未成年子女，由于其已经具备一定的认知和判断能力，法院在判决抚养权时，会充分尊重其真实意愿。这体现了法律对未成年人自主意识的保护和重视。法院在判决分居离婚小孩抚养权时，始终围绕最有利于未成年子女成长这一核心原则进行综合判断。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
