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补充侦查后证据不足，公安机关一般在一个月内完成补充侦查，补充侦查以二次为限。若二次补充侦查后仍证据不足，检察院应作出不起诉决定，通常在一个月内会作出决定，重大、复杂的案件可以延长十五日。作出不起诉决定后即意味着案件结案。
在刑事诉讼中，补充侦查是为了查明案件事实，获取更充分的证据。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》规定，对于需要补充侦查的案件，检察院可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。公安机关补充侦查的期限为一个月，且补充侦查以二次为限。
当补充侦查结束后，如果证据仍然不足，无法达到起诉的标准，检察院应当作出不起诉的决定。这是保障犯罪嫌疑人合法权益，避免不必要的刑事追诉的重要规定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定；对于二次补充侦查的案件，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
检察院作出不起诉决定的期限，根据法律规定，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长十五日。一旦检察院作出不起诉决定，案件即告终结。被不起诉人如果在押，应当立即释放。同时，对于被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知检察院。
被害人如果不服检察院的不起诉决定，可以自收到决定书后七日以内向上一级检察院申诉，请求提起公诉。上一级检察院应当作出复查决定，通知被不起诉的人，同时抄送公安机关。如果被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。人民法院受理案件后，检察院应当将有关案件材料移送人民法院。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十五条
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
