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分居三个月想离婚，可通过协议离婚或诉讼离婚两种方式办理。协议离婚需双方就离婚相关事宜协商一致，共同到婚姻登记机关申请；诉讼离婚则是一方到法院提起离婚诉讼，由法院审理判决。
协议离婚的办理方式。根据《中华人民共和国民法典》规定，夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。申请离婚登记后，会有三十日的冷静期。自婚姻登记机关收到离婚登记申请并向当事人发放《离婚登记申请受理回执单》之日起三十日内，任何一方反悔不想离婚的，可以持本人有效身份证件和《离婚登记申请受理回执单》，向受理离婚登记申请的婚姻登记机关撤回离婚登记申请，并亲自填写《撤回离婚登记申请书》。经婚姻登记机关核实无误后，发给《撤回离婚登记确认单》，并将离婚登记申请书及相关材料归档。自离婚冷静期届满后三十日内，双方未共同到婚姻登记机关申请发给离婚证的，视为撤回离婚登记申请。冷静期届满后三十日内，双方需再次共同到婚姻登记机关申请发给离婚证，经审查符合条件的，予以登记，发给离婚证。
诉讼离婚的方式。若一方想离婚而另一方不同意，或双方就离婚相关事项无法协商一致，想离婚的一方可以向有管辖权的人民法院提起离婚诉讼。在分居三个月的情况下，法院审理时会综合判断夫妻感情是否确已破裂。分居三个月一般不能直接认定夫妻感情破裂，但如果能提供其他证明夫妻感情破裂的证据，如存在家庭暴力、赌博、吸毒等恶习屡教不改等情形，法院经调解无效，可能会判决准予离婚。在诉讼过程中，需要向法院提交起诉状、相关证据等材料。法院会根据具体情况进行审理和判决。
法律依据：
《婚姻登记条例》 第十条
内地居民自愿离婚的，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。
第十一条
办理离婚登记的内地居民应当出具下列证件和证明材料：
（一）本人的户口簿、身份证；
（二）本人的结婚证；
（三）双方当事人共同签署的离婚协议书。
