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不起诉通常没有案底影响，而免于刑事处罚有案底影响。
需要明确案底的概念。案底一般是指犯罪记录，是国家专门机关对犯罪人员情况的客观记载。
对于不起诉，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，不起诉分为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉。法定不起诉适用于犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪等情况。在这种情况下，由于被认定没有犯罪事实或者不构成犯罪，自然不会留下犯罪记录。酌定不起诉是指犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。这种不起诉本质上也意味着不认定犯罪嫌疑人有罪，所以也不会有案底。证据不足不起诉是指对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这同样是因为无法证明犯罪嫌疑人有罪，不会留下案底。
而免于刑事处罚，是指因某些原因犯下罪行，需要刑事处罚，但因为自首或其他情节，导致不用接受刑事处罚。免于刑事处罚的前提是行为人的行为已经构成犯罪，只是由于具有某些法定的从宽情节，而不给予刑事处罚。既然已经构成犯罪，就会有相应的犯罪记录，也就是会留下案底。
案底的存在可能会对个人产生多方面的影响，比如在就业方面，一些对从业人员政治素质和道德品质要求较高的职业，如公务员、司法人员等，可能会因为有案底而受到限制。在社会生活中，也可能会在一定程度上影响个人的社会评价等。所以，不起诉和免于刑事处罚在是否有案底影响上存在明显差异。
法律依据：
《公安机关办理犯罪记录查询工作规定》 第二条
本规定所称的犯罪记录，是指我国国家专门机关对犯罪人员的客观记载。除人民法院生效裁判文书确认有罪外，其他情况均应当视为无罪。
有关人员涉嫌犯罪，但人民法院尚未作出生效判决、裁定，或者人民检察院作出不起诉决定，或者办案单位撤销案件、撤回起诉、对其终止侦查的，属于无犯罪记录人员。
第三条
公安部建立犯罪人员信息查询平台。查询结果只反映查询时平台录入和存在的信息。
